STAI Auliaurrasyidin Tembilahan didirikan oleh Yayasan Pendidikan Auliaurrasyidin dengan Surat Keputusan Nomor 04/KPTS/YAYASAN-URD/2000 dengan medapatkan rekomendasi dari berbagai pihak, antara lain dari Majelis Ulama Indonesia Daerah Kabupaten Indragiri Hilir Nomor A.006/MUI-IH/IV/2000, dari Departemen Agama Kantor Kabupaten Indragiri Hilir Nomor MD.4/A.3/PP.005/124/2000, dan dari Bupati Indragiri Hilir Nomor 479/SOS-2000/400 tanggal 23 Maret 2000. dan tanggal 16 September 2000 STAI Auliaurrasyidin Tembilahan diresmikan oleh Bupati Indragiri Hilir sekaligus dimulainya masa perkuliahan. Sehingga tanggal 16 September 2000 ini dijadikan sebagai hari berdirinya STAI Auliaurrasyidin Tembilahan dan setiap tanggal 16 September ditetapkan sebagai hari Dies Natalis STAI Auliaurrasyidin Tembilahan.
Selanjutnya STAI Auliaurrasyidin Tembilahan memperoleh Izin Operasional dari Kopertais Wilayah XII Propinsi Riau Nomor 07/XII/K/2001 tanggal 19 Januari 2001. dan Alhamdulillah dengan kemauan dan tekad serta kerjasama semua pihak STAI Auliaurrasyidin Tembilahan memperoleh Status Terdaftar dari Koordinator Kopertais Wilayah XII Riau atas nama Menteri Agama RI Nomor 02/XII/K/2002 tanggal 15 Januari 2002. Dipenghujung tahun 2006 STAI Auliaurrasyidin Tembilahan khususnya Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) telah Terakreditasi ”A” dari Badan Akreditasi Nasional – Perguruan Tinggi melalui Surat Keputusan No. 019/BAN-PT/AK-X/S1/XII/2006 tanggal 8 Desember 2006. Dan tanggal 20 Maret 2007, Program Studi PAI telah memperoleh Perpanjangan Izin Penyelenggaraan dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam melalui Surat Keputusan Nomor DJ.I/103/2007. Dan tanggal 15 Agustus 2012, Program Studi PAI memperoleh Perpanjangan Izin Penyelenggaraan dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam melalui Surat Keputusan Nomor 1222 tahun 2012.
Terhitung sejak tanggal 10 Juli 2007 STAI Auliaurrasyidin Tembilahan telah memperoleh Izin Penyelenggaraan Program Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) jenjang Strata Satu (S1) melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Depag RI Jakarta Nomor Dj.I/257/2007, dengan Kategori PTAI Mandiri berdasarkan Penetapan Direktur Pendidikan Tinggi Islam atas nama Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/Dt.I.IV/1/PP.00.11/944/07. Dan tanggal 15 Agustus 2012, Program Studi PGMI juga memperoleh Perpanjangan Izin Penyelenggaraan dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam melalui Surat Keputusan Nomor 1222 tahun 2012.
Tahun 2013 kedua program studi yang diselenggarakan oleh STAI Auliaurrasyidin Tembilahan telah terakreditasi, yaitu; Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) memperoleh Akreditasi C (Keputusan BAN-PT Nomor 003/SK/BAN-PT/Ak-XV/S/I/2013 tanggal 4 Januari 2013) dan Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) memperoleh Akreditasi B (Keputusan BAN-PT Nomor 164/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/VIII/2013 tanggal 3 Agustus 2013).